都農神社（つのじんじゃ）の創建（そうけん）は、神武天皇（じんむてんのう）が大和（やまと）にて初代の天皇として御即位（ごそくい）される6年前（前666）で、神武天皇（じんむてんのう）は宮崎宮（みやざきのみや）を発し御東遷（ごとうせん）の折、此の地に立ち寄り、国土平安、海上平穏、武運長久（ぶうんちょうきゅう）を祈念（きねん）し御祭神（ごさいじん）を鎮祭（ちんさい）された事と伝えられています。古来、日向国（ひゅうがのくに）一之宮（いちのみや）と称えられ、御祭神（ごさいじん）はご神徳の高い、大己貴命（おおなむちのみこと）（大国主命（おおくにぬしのみこと））を奉斎（ほうさい）する古社（こしゃ）です。

歴代皇室の尊崇（そんすう）篤く、「続日本後紀（しょくにほんこうき）」の承和（じょうわ）4年（837）8月1日条（くだり）では、「日向國（ひむかのくに）児湯郡（こゆぐん） 都濃神（つののかみ）（都農神社（つのじんじゃ））、妻神（つまのかみ）（都萬神社（つまじんじゃ））、宮埼郡（みやざきぐんの）江田神（えたのかみ）（江田神社（えたじんじゃ））、諸縣郡（もろかたぐん）霧嶋岑神（きりしまみねのかみ）（霧島神社（きりしまじんじゃ））、並（なら）びて官社（かんしゃ）を預（あず）かる」とあり、官社（かんしゃ）に列（れっ）したことが記されています。同10年（843）には神階（しんかい）の宣授（せんじゅ）があったと記されています。清和天皇（せいわてんのう）の御代（みよ）（858-876）の「日本三代実録（にほんさんだいじつろく）」によると、天安2年（858）に従四位（じゅしい）上（じょう）が授けられました。延長（えんちょう）5年（927）には「延喜式（えんぎしき）神名帳（じんみょうちょう）」で日向国（ひゅうがのくに）児湯郡（こゆぐん）都農神社（つのじんじゃ）と撰（せん）せられ、日向国（ひゅうがのくに）式内四座（しきないよんざ）のひとつとして日向国（ひゅうがのくに）一之宮（いちのみや）に列格（れっかく）されました。

御祭神（ごさいじん）の大己貴命（おおなむちのみこと）（大国主命（おおくにぬしのみこと））は、多くの妃（きさき）を娶（めと）り、その妃（きさき）等との間に多くの御子（みこ）をもうけ、その謂（いわ）れから縁結びの神とも子孫繁栄（子授け）の神とも云われる様になりました。また医療の法を定め多くの人々を助けた事により、医療（病気平癒）の神ともされます。また、少彦名命（すくなひこなのみこと）と共に力を合わせて多くの人々と交わり、次々と国造りをされた事により、事業開拓（商売繁盛）の神としての御神徳（ごしんとく）があるとされています。

旧記（きゅうき）では、往古は日向国（ひゅうがのくに）第一の大社（たいしゃ）として境内（けいだい）広濶（こうかつ）、社殿（しゃでん）壮大であったと伝えられ、第三鳥居からは15～16町（約1.7km）、第二鳥居からは6～7町（700m）の間に亘（わた）って建立（こんりゅう）せられた古跡（ふるあと）が今なお認められています。天文（てんもん）18年（1549）に都於郡（とのこおりじょう）城主（じょうしゅ）伊東義祐（いとうよしすけ）が社殿（しゃでん）を造営（ぞうえい）。天正（てんしょう）6年（1578）島津（しまづ）・大友（おおとも）両軍の騒乱により、社殿（しゃでん）は兵火（へいか）を罹（かか）り、累世（るいせい）秘蔵（ひぞう）の宝物（ほうもつ）、古文書（こもんじょ）等烏有（うゆう）に帰しましたが、御神体（ごしんたい）は尾鈴山（おすずやま）麓（ふもと）の神社に避難され難を逃れました。争乱後は長年社殿（しゃでん）の再興（さいこう）も無く小さな祠（ほこら）があるのみで、元和（げんわ）元年（1615）には、昔のおもかげなしという見聞者（けんぶんしゃ）の記録が残されています。元和（げんわ）3年（1617）高鍋（たかなべ）藩主（はんしゅ）の秋月種春（あきづきたねはる）が再興（さいこう）し、同14年（1628）には知行（ちぎょう）20石（こく）が寄進（きしん）されました。元禄（げんろく）5年（1692）の高鍋（たかなべ）藩主（はんしゅ）の秋月種政（あきづきたねまさ）による社殿（しゃでん）の再興（さいこう）、安政（あんせい）6年（1859）の篤志家（とくしか）の社殿（しゃでん）の寄進（きしん）による改築（かいちく）がなされましたが、社殿（しゃでん）神域（しんいき）とも縮少の傾向にあったとされています。

明治4年（1871）5月15日には県内の他社に先んじて国幣社（こくへいしゃ）に列格（れっかく）。昭和9年（1934）には神武天皇（じんむてんのう）御東遷（ごとうせん）2600記念式典に当たり、記念事業として奉賛会（ほうさんかい）を組織して神門（しんもん）・境内（けいだい）の拡張整備がなされました。社殿（しゃでん）の老朽化に伴い平成14年（2003）に「平成の大造営（ぞうえい）」と銘打って御造営（ぞうえい）奉賛会（ほうさんかい）が設立され、平成19年（2007）7月7日に現在の社殿（しゃでん）が竣成（しゅんせい）されました。流造（ながれづくり）の本殿（ほんでん）は総ケヤキ造りで、入母屋造（いりもやづくり）の拝殿（はいでん）は総ヒノキ造です。旧拝殿（はいでん）は、現在は神楽殿（かぐらでん）・神輿殿（みこしでん）となっています。

御神幸祭（ごしんこうさい）で知られる夏祭は、8月1日、2日に斎行（さいこう）されています。都農神社（つのじんじゃ）の夏祭の起源は神功皇后（じんぐうこうごう）が三韓征伐（さんかんせいばつ）の折、御船（みふね）に大三輪（おおみわ）の神（大国主命（おおくにぬしのみこと）・大己貴命（おおなむちのみこと））を祀（まつ）り、太刀（たち）と矛（ほこ）を奉（たてまつ）って武運長久（ぶうんちょうきゅう）を祈念（きねん）した故事（こじ）に由来しています。大三輪（おおみわ）の神は皇后（こうごう）に「吾（あ）が和魂（にきみたま）は皇后（こうごう）の御命（おんいのち）と皇后（こうごう）の船を守り、吾（あ）が荒魂（あらみたま）は船の先鋒（せんぽう）となりて軍船を導こう」と教えを示し、神功皇后（じんぐうこうごう）は謹（つつし）んで拝受（はいじゅ）します。この時、臨月を迎えていた神功皇后（じんぐうこうごう）は石を腰に挟み「三韓征伐（さんかんせいばつ）が無事に済み、また日本に帰ってきた時に出産出来ます様に」と祈り、無事の帰還して応神天皇（おうじんてんのう）を御出産されました。御神幸祭（ごしんこうさい）（浜下（はまくだ）り神事（しんじ））は、勇壮で盛大なお祭りとして名高く、中でも2日のお宮参りは特に圧巻です。その宮入りに際し奉納（ほうのう）する「浜下（はまくだ）り石」は、その神功皇后（じんぐうこうごう）が腰に挟んだ石が元となっており、神功皇后（じんぐうこうごう）の無事の御帰りを祝し、宮司（ぐうじ）が浜で集めた石を、平和を願い奉納（ほうのう）した事が始まりと伝えられています。また、本殿（ほんでん）の裏には、「石持（いしも）ち神事（しんじ）」の石納所（いしのうしょ）があります。年末年始以外、神門（しんもん）前で「神の石」を受け取り、参拝後に納めることができます。

境内（けいだい）社としては、本殿（ほんでん）向かって左手に素盞鳴命（すさのおのみこと）を祀（まつ）る素盞鳴神社（すさのおじんじゃ）。右手には素盞鳴命（すさのおのみこと）の后神（きさきがみ）の櫛稲田姫命（くしいなだひめのみこと）の父母神（ふぼがみ）である足摩乳命（あしなづちのみこと）、手摩乳命（てなづちのみこと）を祀（まつ）る足摩乳（あしなづち）・手摩乳神社（てなづちじんじゃ）が鎮座（ちんざ）しています。共に、安政（あんせい）6年(1859)10月に高鍋（たかなべ）藩主（はんしゅ）の秋月種殷（あきづきたねとみ）により改築（かいちく）。明治10年（1877）12月3日に摂社（せっしゃ）指定を受け、明治18年（1885）に官費（かんぴ）にて改築（かいちく）されました。

足摩乳（あしなづち）・手摩乳神社（てなづちじんじゃ）の手前の熊野神社（くまのじんじゃ）は、早玉男命（はやたまのをのみこと）、事解男命（ことさかのおのみこと）、菊理比売命（きくりひめのみこと）を祀（まつ）っています。都農神社（つのじんじゃ）の平成19年（2007）までの旧本殿（ほんでん）をお宮としています。

境内（けいだい）の東側には、五穀豊穣・商売繁盛・殖産振興などの御神徳（ごしんとく）のある宇加之御魂命（うかのみたまのみこと）を祀（まつ）る稲荷神社（いなりじんじゃ）。防火（火伏せ）・防災などの御神徳（ごしんとく）のある火産霊命（ほむすびのみこと）を祀（まつ）る愛宕神社（あたごじんじゃ）が鎮座（ちんざ）しています。

境外（けいがい）末社（まっしゃ）として、北北西1.2kmほどに元宮（もとみや）とされている瀧神社（たきじんじゃ）が鎮座（ちんざ）しています。

また、境内（けいだい）には御祭神（ごさいじん）の大己貴命（おおなむちのみこと）（大国主命（おおくにぬしのみこと））に纏（まつ）わる彫刻などが祀（まつ）られています。

「御神象（ごしんぞう）」は、都農神社（つのじんじゃ）の御神木（ごしんぼく）である夫婦楠（めおとくす）の木の俣（また）から生れ出でた神象（しんぞう）です。日本書紀（にほんしょき）によると、大己貴命（おおなむちのみこと）は兄の八十神（やそがみ）等に攻めやられ、危うく命を落としそうになったとき、母神である櫛名田比売命（くしなだひめのみこと）は大己貴命（おおなむちのみこと）の事を案じて「木の俣（また）」から逃がしたと記されています。この事から、この神象（しんぞう）は「大己貴命（おおなむちのみこと）の化身（けしん）である」として広く信仰を集めています。不思議な事に神象（しんぞう）の体にはハートマークが浮出ており、この神象（しんぞう）を撫（な）でる事で恋愛成就や夫婦円満、除災招福（じょさいしょうふく）の御利益があると言われています。

神門（しんもん）には「撫（な）で大国（だいこく）」と「撫（な）でウサギ」が祀（まつ）られています。

御祭神（ごさいじん）の大己貴命（おおなむちのみこと）（大国主命（おおくにぬしのみこと））は、大袋（おおふくろ）に打（う）ち出（で）の小槌（こづち）の「大国（だいこく）さま」としても知られ、その御姿に誰もが心を和ませます。国土の開拓やあらゆる病気の平癒を行い、また恋多き神様としても有名であることから病気平癒をはじめ、子授けや商売繁盛の御利益があるとされており、「撫（な）で大国（だいこく）」に願いを込めて撫（な）でる事で願い事が叶（かな）うとされています。

大己貴命（おおなむちのみこと）（大国主命（おおくにぬしのみこと））に纏（まつ）わる話で広く知られるのが「因幡（いなば）の素兎（しろうさぎ）」です。兄の八十神（やそがみ）等と共に因幡（いなば）の国を訪れた大己貴命（おおなむちのみこと）（大国主命（おおくにぬしのみこと））は、サメに皮を剥がれて泣き叫ぶウサギが居た。大己貴命（おおなむちのみこと）がそのウサギに「真水を浴び蒲（がま）の穂の上に寝転ぶと良い」と言われたので、ウサギは教えの通り行うと、みるみる元気になりました。この事からウサギは病気平癒の御利益や、その行いから素直な心を表す象徴とされています。

また、参道（さんどう）の手水舎（てみずしゃ）近を流れる小川にかかる橋に「あぶら石」が置かれています。古くは都農川（つのがわ）が増水した際、都農川（つのがわ）の対岸に設置してあった「あぶら石」に油を注ぎ火を灯して都農神社（つのじんじゃ）の遥拝所（ようはいじょ）としていました。現在は、橋が渡された事により「あぶら石」は奉納（ほうのう）され、現在に至っています。長年、人々を導き目標とされてきた事により、目標達成や心願成就（しんがんじょうじゅ）の霊石（れいせき）として信仰されるようになり、この岩に願いを込めて触れる事で願い事を叶（かな）えてくれるとされています。