皇宮神社（こうぐうじんじゃ）は、宮崎の宮（みやざきのみや）の跡と顕彰（けんしょう）されているところで、宮崎神宮（みやざきじんぐう）の西北600mの小高い丘に鎮座します。宮崎神宮（みやざきじんぐう）の元宮（もとみや）に当たります。

御祭神（ごさいじん）は、神日本磐余彦尊（かむやまといわれひこのみこと）（神武天皇（じんむてんのう））を主祭神（しゅさいじん）としています。相殿神（あいどのがみ）として、神武天皇（じんむてんのう）の后神（きさきがみ）で、御東征（ごとうせい）には同行せずに日南市（にちなんし）油津（あぶらつ）にある吾平津神社（あひらつじんじゃ）（乙姫神社（おとひめじんじゃ））に祀（まつ）られている吾平津姫命（あひらつひめのみこと）。神武天皇（じんむてんのう）とその吾平津姫命（あひらつひめのみこと）の間に生まれた御子神（みこがみ）の手研耳命（たぎしみみのみこと）。神武天皇（じんむてんのう）と五十鈴媛命（いすずよりひめのみこと）との間に生まれた神渟名川耳命（たかんぬなかわみみのみこと）、後の綏靖天皇（すいぜいてんのう）を祀っています。

御齢（おんとし）15才を迎え皇太子（こうたいし）に即（つ）かれた神武天皇（じんむてんのう）は、生まれ育った宮崎県西諸県郡（にしもろかたぐん）高原町（たかはらちょう）の狭野神社（さのじんじゃ）（旧宮崎神宮（みやざきじんぐう）別宮（べつぐう））の地から、宮崎神宮（みやざきじんぐう）の西北600mの小高い丘の皇宮屋（こぐや）（皇宮神社（こうぐうじんじゃ））に宮居（みやい）され、政治（まつりごと）をとられました。当時は未（いま）だ全国統一がなされた時代ではなく、皇威（こうい）が全国に輝くというわけではなかったことから、天下万民（てんかばんみん）が幸せに暮らせるようにとお考えになり、御齢（おんとし）45歳の時に、都を中央に遷（うつ）すべく、宮崎をご出発になります。

その聖蹟（せいせき）の地として御創建（そうけん）されたとされますが創始（そうし）は不詳（ふしょう）です。旧社殿（しゃでん）は弘化（こうか）4年（1847）6月藩費を以て再建され、明治（めいじ）10年3月21日に宮崎神宮（みやざきじんぐう）の摂社（せっしゃ）に列（れっ）せられました。神武天皇（じんむてんのう）御即位（そくい）後2600年の佳節（かせつ）にあたった昭和15年（1940）には、紀元（きげん）2600年の記念事業の一環として、宮崎県奉祝会（ほうしゅくかい）により「皇軍（こうぐん）発祥（はっしょう）之地（のち）」碑が昭和16年11月20日起工（きこう）、昭和17年末に竣工されました。

現在の社殿（しゃでん）は、昭和48年（1973）の伊勢神宮（じんぐう）の第60回神宮式年遷宮（じんぐうしきねんせんぐう）の後、古殿舎（こでんしゃ）撤下材（てっかざい）を、昭和51年に改築し、同年の7月24日20時より遷座（せんざ）されたされたものです。旧社殿（しゃでん）跡地は、境内（けいだい）向かって左手20mほどにあります。