宮崎神宮（みやざきじんぐう）の創建（そうけん）は不詳（ふしょう）ですが、社伝（しゃでん）によれば、神武天皇（じんむてんのう）の孫にあたる健磐龍命（たけいわたつのみこと）（熊本・阿蘇神社（あそじんじゃ）ご祭神（さいじん））が九州の長官に就任した際、祖父の御遺徳（ごいとく）をたたえるために鎮祭（ちんさい）したのが始（はじまり）まりと伝えられています。下って第10代崇神天皇（すじんてんのう）（前97-前30）、第12代景行天皇（けいこうてんのう）（71-130）の御代（みよ）、熊襲ご征討の際に社殿（しゃでん）が造営（ぞうえい）されます。第15代応神天皇（おうじんてんのう）（270-312）の御代（みよ）、日向（ひゅうが）の国造（くにのみやつこ）が修造（しゅうぞう）し、鎮祭（ちんさい）せられた旨が旧記（きゅうき）に伝えられています。古来、「神武天皇（じんむてんのう）御廟（ごびょう）」、「神武天皇宮（じんむてんのうぐう）」、「神武天皇社（じんむてんのうしゃ）」と称され、地元では「神武（じんむ）さま」と呼ばれ、親しまれてきました。

御幼名（ごようめい）を狭野尊（さののみこと）と申し上げる神武天皇（じんむてんのう）は、天照大御神（あまてらすおおみかみ）から5代目の御孫（おんまご）にあたります。鵜葺草葺不合尊（ふがやふきあえずのみこと）と玉依姫命（たまよりひめのみこと）の第四皇子（だいよんおうじ）で、御生まれは宮崎県西諸県郡（にしもろかたぐん）高原町（たかはらちょう）の狭野神社（さのじんじゃ）（旧宮崎神宮（みやざきじんぐう）別宮（べつぐう））の地です。神武天皇（じんむてんのう）の御幼名（ごようめい）を狭野尊（さののみこと）と奉称（ほうしょう）するのは、狭野（さの）の地名によるものとされ、当地で天下広く統治すべく天壌無窮（てんじょうむきゅう）の御心（みこころ）を培（つちか）われました。天皇は生まれつきご聡明で武に富み、御性格も確（しっか）りとした方でしたので、御齢（おんとし）15才を迎えると皇太子（こうたいし）に即（つ）かれ、宮崎神宮（みやざきじんぐう）の西北600mの小高い丘の皇宮屋（こぐや）（皇宮神社（こうぐうじんじゃ））に遷（うつ）り、政治（まつりごと）をとられました。

当時は未（いま）だ全国統一がなされた時代ではなく、皇威（こうい）が全国に輝くというわけではなかったことから、天下万民（てんかばんみん）が幸せに暮らせるようにとお考えになり、御齢（おんとし）45歳の時に、都を中央に遷（うつ）すべく、宮崎をご出発になります。先ず、宮崎から陸路北へ進んで湯之宮（ゆのみや）（湯之宮神社（ゆのみやじんじゃ））でお泊りして、御湯（おゆ）を召され、次に甘漬（あまつけ）（川南町川南・甘漬神社（あまつけじんじゃ））や都農（つの）（日向國（ひゅうがのくに）一之宮（いちのみや）都農神社（つのじんじゃ））では武運長久（ぶうんちょうきゅう）のお祀（まつ）りをされます。更に北に向かい美々津（みみつ）（日向市（ひゅうがし）美々津（みみつ）・立磐神社（たていわじんじゃ））の港から船出され、御東征（ごとうせい）の途につかれました。

皇軍（こうぐん）の向かう海路は風雲自（おのず）から静謐（せいひつ）となり、豊予海峡（ほうよかいきょう）の速吸門（はやすいなと）（大分県大分市・早吸日女神社（はやすいひめじんじゃ））、菟狭（うさ）（大分県宇佐市（うさし）・宇佐神宮（うさじんぐう））、岡水門（おかのみなと）（福岡県遠賀郡（おんがぐん）芦屋町（あしやまち）・神武天皇社（じんむてんのうしゃ））、埃宮（えのみや）（広島県安芸郡（あきぐん）府中町（ふちゅうちょう）・多家神社（たけじんじゃ））にお寄りになり、翌年3月には更に高嶋宮（たかしまのみや）（岡山県岡山市南区・高嶋神社（たかしまじんじゃ））に到り、3年を行館（かりのみや）に座（ざ）して軍備を整えられました。

それから難波碕（なんばのみさき）（大阪府大阪市天王寺区・生國魂神社（いくくにたまじんじゃ））に上陸。1月留まった後、河内国（かわちのくに）草香邑（くさかむら）（大阪府東大阪市日下（くさか）町）に進みますが、生駒山（いこまやま）の要害に拠る賊酋（ぞくしゅう）の長髄彦（ながすねひこ）が天皇の軍を遮りなかなか降伏しなかったことから、遂に海路に道を改め、紀伊国（きいのくに）へ熊野路（くまのじ）から攻め入られました。

此の間に、皇兄（こうけい）の五瀬命（いつせのみこと）は戦傷の結果、遂に薨去（こうきょ）され、竃山（かまやま）（和歌山県和歌山市・竃山神社（かまやまじんじゃ））に葬られます。また熊野灘（くまのなだ）では海上暴風の為めに皇兄（こうけい）の三毛入野命（みけいりののみこと）と稲飯命（いなひのみこと）のご遭難を始（はじ）め幾多の将兵（しょうへい）を失われるなど、苦戦艱難（かんなん）をなめさせられました。

熊野（くまの）に上陸すると天皇は、険しい山々を踏破され、高倉下（たかくらじ）や八咫烏（やたがらす）の忠勤（ちゅうきん）によって遂に大和（やまと）を平定（へいてい）遊（あそ）ばされました。そして、日向（ひゅうが）をご出発になられて7年目の正月朔日（ついたち）、畝傍（うねび）の橿原（かしはら）に宮居（みやい）を建てられ「八紘（あめのした）を掩（おおい）いて宇（う）と為（な）さむ」とおっしゃって、初代天皇神武天皇（じんむてんのう）にご即位（そくい）遊（あそ）ばされました。 ここに我が国の建国はめでたく成就（じょうじゅ）されたのです。

当神宮（じんぐう）が全国的な崇敬神社（すうけいじんじゃ）となったのは明治（めいじ）以降です。武家を中心とする封建社会は行き詰まり、天皇を国家の中心に据えた近代国家への脱却を図った明治（めいじ）維新は、そのスローガンに「諸事（しょじ）神武（じんむ）創業（そうぎょう）ノ始（はじめ）二基（もと）ツキ」の精神を掲げるなど、この国の原点を再確認することから始められました。神武天皇（じんむてんのう）をお祀（まつ）りした古社（こしゃ）である当神宮（じんぐう）は一躍脚光（きゃっこう）を浴びる事となりました。

明治（めいじ）6年（1873）5月に県社（けんしゃ）に列（れっ）せられ「宮崎神社（みやざきじんじゃ）」と改称。 明治（めいじ）8年8月には、国幣中社（こくへいちゅうしゃ）に昇格（しょうかく）します。明治（めいじ）11年5月、「宮崎宮（みやざきぐう）」と改称し、明治（めいじ）18年4月には、官幣大社（かんぺいたいしゃ）に昇格（しょうかく）しました。明治（めいじ）31年には、二条基弘（にじょう もとひろ）公爵（こうしゃく）、島津忠亮（しまづ ただあきら）伯爵（はくしゃく）、高木兼寛（たかきかねひろ）男爵（だんしゃく）らが中心となって「神武天皇（じんむてんのう）御降誕（ごこうたん）大祭会（たいさいかい）」が組織されます。宮崎神宮（みやざきじんぐう）を社格（しゃかく）に見合った規模の大社（たいしゃ）とすべく、奉賛会（ほうさんかい）が組織され全国規模での募財（ぼざい）活動が展開されました。翌明治（めいじ）32年（1899）には「神武天皇（じんむてんのう）大祭会（たいさいかい）」にて、皇室からの御下賜金（ごかしきん）や政府の改築費なども支出され、明治（めいじ）40年9月に竣工（しゅんこう）となりました。

この時の社殿（しゃでん）が現在のもので、社殿（しゃでん）の建築造営（ぞうえい）を監修（かんしゅう）したのは、東洋の古建築（こけんちく）を研究し、日本建築史学の開拓者と呼ばれ、その学問的体系を確立した東京帝国大学名誉教授の伊東忠太（いとうちゅうた）です。日向（ひゅうが）の名材（めいざい）の狭野杉（さのすぎ）を用い白木（しらき）で銅板葺（どうばんぶ）きの神明造（しんめいづく）の社殿（しゃでん）は、平成22年には国登録有形文化財に指定されています。

大正（たいしょう）2年7月に、宮崎神宮（みやざきじんぐう）と改称。大正（たいしょう）4年（1915）6月1日に、狭野神社（さのじんじゃ）を別宮（べつぐう）に指定します。

神武天皇（じんむてんのう）御即位（そくい）後2600年の佳節（かせつ）にあたった紀元（きげん）2600年の昭和15年（1940）には、肇国（ちょうこく）の歴史を偲（しの）び寿（ことほ）ぐために紀元（きげん）2600奉祝会（ほうしゅくかい）（総裁（そうさい）・秩父宮（ちちぶのみや）雍仁親王（やすひとしんのう）、副総裁（そうさい）・近衛文麿（このえふみまろ）、会長・徳川家達（とくがわいえさと））が設立されました。昭和13年7月の総会において、当神宮（じんぐう）は橿原神宮（かしはらじんぐう）についで第2位にランクされ、境内地（けいだいち）の拡張工事や徴古館（ちょうこかん）の改築など、県内外の祖国（そこく）振興隊（しんこうたい）の勤労奉仕（きんろうほうし）によって進められました。昭和15年11月25日、高松宮（たかまつのみや）宣仁親王（のぶひとしんのう）殿下（でんか）の御台臨（ごたいりん）を仰（あお）いで宮崎神宮（みやざきじんぐう）境域（きょういき）拡張工事竣工（しゅんこう）奉献祭（ほうけんさい）が斎行（さいこう）され、ようやくにして社格（しゃかく）に見合った境内（けいだい）を得て、面目を施すこととなりました。紀元（きげん）2600年の記念事業の一環として、宮崎県奉祝会（ほうしゅくかい）により当神宮（じんぐう）の元宮（もとみや）とされる摂社（せっしゃ）の皇宮神社（こうぐうじんじゃ）の地に「皇軍（こうぐん）発祥（はっしょう）之地（のち）」碑が建立されて顕彰（けんしょう）されました。神宮（じんぐう）の北方2キロの丘陵（きゅうりょう）には、世界中から石が集められ、多くの奉仕者（ほうししゃ）が携わった「八紘（はっこう）之（の）基柱（もとばしら）（平和の塔、八紘（はっこう）一宇（いちう）の塔）」も築かれました。

昭和21年2月 神社制度の変革により社格（しゃかく）が廃止され、昭和27年7月31日に狭野神社（さのじんじゃ）は独立神社となりますが、宮崎神宮（みやざきじんぐう）別宮（べつぐう）の名称はそのまま残されています。

例祭（れいさい）は、御祭神（ごさいじん）神武天皇（じんむてんのう）が「八紘（はっこう）一宇（いちう）の皇謨（こうぼ）」を打ち立て給（たま）いて、日向國（ひゅうがのくに）から御進発（ごしんぱつ）された日が現在の暦の10月27日となることから、その前日の10月26日に定められたと伝えられています。そして例祭（れいさい）後の土曜日と日曜日に御東遷（ごとうせん）の御聖業（ごせいぎょう）を偲（しの）び奉（たてまつ）って斎行（さいこう）されています。「御神幸祭（ごしんこうさい）」は、「神武（じんむ）さま」と呼ばれ、秋の宮崎を彩る県下最大の大祭（たいさい）として、県民の多くに親しまれています。

「御神幸祭（ごしんこうさい）」がいつ頃始（はじまり）まったかは不詳（ふしょう）です。天明（てんめい）4年(1785)の文書（もんじょ）に「神輿（みこし）社内（しゃない）渡御（とぎょ）、大宮司（だいぐうじ）神主（かんぬし）祠官（しかん）等（など）供（ともに）奉仕（ほうしし）、神樂（かぐら）酒（さけ）神供（ともに）獻備（けんじそなえ）仕（つかまつり）候（そうろう）」とあり、また、明治（めいじ）9年(1876)から残されている宮崎神宮（みやざきじんぐう）日誌にも神輿（みこし）渡御（とぎょ）が斎行（さいこう）されていたことが記されています。今の隊列（たいれつ）を組む形式が固まったのは、明治（めいじ）42年頃からとされています。昭和46年より例祭（れいさい）日を10月26日、御神幸祭（ごしんこうさい）は例祭（れいさい）後の土曜日と日曜日と現在の日程になりました。御神幸行列（ごしんこうぎょうれつ）は、神武天皇（じんむてんのう）の神霊（みたま）を御遷（おうつ）しした御鳳輦（ごほうれん）を中心に、流鏑馬（やぶさめ）武者行列（むしゃぎょうれつ）やミスシャンシャン馬に加えて、「ひょっとこ踊り」「日向（ひむか）木剣（もっけん）踊り」などの県内各地の有名舞踊なども加わり、年々賑やかになっています。

参道進んで左手。神橋の前に、保存されているのが「おきよ丸」です。神武天皇（じんむてんのう）は、お船出（ふねで）に当たって旧暦（きゅうれき）8月1日の夜明け前に最良の日と判断され急遽（きゅうきょ）、美々津（みみつ）の港から出航（しゅっこう）命令を下され出発します。その神話から、西都原古墳群（さいとばるこふんぐん）から出土した埴輪（はにわ）を原型に復元して、平成17年9月に完成されたのが「おきよ丸」です。現在は、「御神幸祭（ごしんこうさい）」でも行列に加わり、御東征（ごとうせい）のお船出（ふねで）の姿を伝えています。

境内（けいだい）の神池（かみいけ）の横には、五所稲荷神社（ごしょいなりじんじゃ）が鎮座（ちんざ）しており、保食神（うけもちのかみ）、塩土翁（しおつちのおきな）、道臣命（みちのおみのみこと）、椎根津彦命（ しいねつひこのみこと）、大久米命（おおくめのみこと）を御祭神（ごさいじん）としています。古くより農業、産業、食物、又商売繁昌（ しょうばいはんじょう）、諸業繁栄（ しょぎょうはんえい）の守護神（ しゅごしん）として、多くの人々より崇敬（すうけい）されてきました。御創建（そうけん）年代は不詳（ふしょう）ですが、社殿（しゃでん）前に文政（ぶんせい）10年9月に奉納（ほうのう）された手水鉢（てみずばち）が残っていることから、これよりさらに遡（さかのぼ）ることが出来ると思われます。明治（めいじ）4年11月に近隣の稲荷神社（いなりじんじゃ）、地主神社（じぬしじんじゃ）、秋葉神社（あきばじんじゃ）、水分神社（みくまりじんじゃ）、事代主神社（ことよりぬしじんじゃ）を合祀。明治（めいじ）11年2月に末社（まっしゃ）に列（れっ）せられました。かつては、宮崎神宮（みやざきじんぐう）本殿（ほんでん）の東側に鎮座（ちんざ）していましたが、明治（めいじ）32年より同40年までの本宮（ほんぐう）社殿（しゃでん）御造営（ぞうえい）の為に現在地に遷座（せんざ）しています。