天智天皇（てんちてんのう）の御代（みよ）（668-672）、天皇と大宮姫（おおみやひめ）との間に生まれた一之姫宮（いちのひめみや）が、大宮姫（おおみやひめ）の出生の地であった枚聞神社（ひらききじんじゃ）の御分霊（ごぶんれい）を飛地境内地（とびちけいだいち）となっている涙橋（なみだばし）の畔（ほとり）（鹿児島市（かごしまし）南郡元町（みなみこおりもとちょう））に奉祀（ほうし）したのが創建（そうけん）です。その後、現在地に移転されたと伝えられています。

江戸時代に島津藩で編纂された「三国名勝図絵（さんごくめいしょうずえ）」に「建久（けんきゅう）八年（1197）、六月薩摩国（さつまのくに）図田帳（ずでんちょう）、郡元社（こおりもとしゃ）、七町五段、鹿児島郡（かごしまこおり）内と戴す」とあり、この郡元社（こおりもとしゃ）が当社と見られています。

当初より一之宮大明神（いちのみやだいみょうじん）と称せられ、神領（しんりょう）は72町歩（ちょうぶ）(現在の郡元（こおりもと）・鴨池（かもいけ）・武（たけ）・田上（たがみ）の一帯）におよび、広大な荘園（しょうえん）を抱え、別当寺（べっとうじ）として延命院（えんめいいん）をもつ、薩摩国（さつまのくに）有数の大社となりました。

島津氏（しまづし）の初代当主（とうしゅ）の島津忠久公（しまづただひさこう）以来、毎年元旦には、当社の一之宮（いちのみや）、次に二之宮（にのみや）（鹿児島神社（かごしまじんじゃ））、次に三之宮（さんのみや）（川上天満宮（かわかみてんまんぐう））を巡拝（じゅんぱい）する「鹿児島（かごしま）三社参（さんしゃまい）り」が慣（なら）いとされ、島津家久（しまづいえひさ）の代まで「鹿児島（かごしま）三社参（さんしゃまい）り」は続きました。

元禄（げんろく）期（1688-1704）に神社名を一條宮（いちじょうぐう）と改称。明治以前に焼失したものの、現在の中郡（なかごおり）小学校の地に建てられていた別当寺（べっとうじ）の延命院（えんめいいん）と共に、島津氏（しまづし）、及び近郷（きんごう）の崇敬（すうけい）篤（あつ）く、隆盛（りゅうせい）を極めました。明治初期の地租改正の折、郡元神社（こおりもとじんじゃ）と改称。昭和30年（1955）に当初の一之宮神社（いちのみやじんじゃ）に復しました。

境内（けいだい）には、大永（だいえい）5年（1525年）に道忠（どうちゅう）との人物が建てた別当寺（べっとうじ）延命院（えんめいいん）の遺物と考えられ、昭和34年6月10日に県指定有形文化財に指定された「大永（だいえい）の名号（みょうごう）板碑（いたび）」と、昭和28年9月7日に県指定史跡とされた「弥生式（やよいしき）住居跡（じゅうきょあと）・一宮遺跡（いちのみやいせき）」があります。

1月3日には、打植祭（うちうえまつり）とも三日祭（みっかまつり）とも称されるお田植（たうえ）神事（しんじ）が斎行（さいこう）されます。その年の五穀豊穣（ごこくほうじょう）を願って、永年（えいねん）奉仕（ほうし）されているお田植（たうえ）神事（しんじ）で、苗（松葉を代用）、モミ米、重ね餅を供（そな）えて祈願祭（きがんさい）を行い、続いて木製の牛を引いて社殿（しゃでん）を三周し、社前（しゃぜん）に設けられた斎田（さいでん）で農耕の諸所作（しょしょさ）を行い、宮司（ぐうじ）がモミ米を散布して神事（しんじ）が終了します。尚、牛を撫でさすった餅を食すればその年は無病息災（むびょうそくさい）とされています。