高屋神社（たかやじんじゃ）の創建（そうけん）は不詳ですが、当社の西側に小高い処があり、日本書紀（にほんしょき）神代（かみよ）巻下（まきした）にある「日向（ひむか）の高屋（たかや）の小陵（しょうりょう）に葬る」とある高屋山上陵（たかやのやまのうえのみささぎ）、即ち彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）の御陵（ごりょう）が当地であると伝えられています。さらに、景行天皇（けいこうてんのう）（71-130）が九州に下り、日向国（ひむかのくに）を拠点に熊襲（くまそ）を討った御親征（ごしんせい）の際、6年間もの長期に亘り御駐輦（ごちゅうれん）された行宮（かりみや）の「高屋宮（たかやのみや）」の址（あと）とも伝えられています。

武内宿禰（たけしうちのすくね）が山陵（さんりょう）であることを知り、鎮座地（ちんざち）を定めたという創建（そうけん）の由来が伝わり、景行天皇（けいこうてんのう）（71-130）の御代（みよ）には彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）と豊玉姫命（とよたまひめのみこと）の二柱（ふたはしら）の御神霊（ごしんれい）を鎮（しず）め奉（まつ）る聖地（せいち）・霊跡（れいせき）と崇（あが）められていたことが窺えます。現存する古文書（こもんじょ）でも仁明天皇（にんみょうてんのう）の嘉祥（かじょう）2年（849）に当宮の祠官（しかん）となった旧社家（きゅうしゃけ）の系図の記載があることから、古代から祭祀（さいし）が整えられていたと考えられています。

平安末期には宇佐八幡宮（うさはちまんぐう）の領（りょう）として村角（むらずみ）別府（べっぷ）（鷹居（たかい）別府（べっぷ））が成立し、当社も永く高屋八幡宮（たかやはちまんぐう）と称しました。南北朝（なんぼくちょう）（1336-1392）期以降その実効支配も薄れ、江戸時代中期の宝暦（ほうれき）年間（1751-1764）の頃には高屋宮（たかやのみや）と称するようになり、明治になって高屋神社（たかやじんじゃ）と改称されました。

流造（ながれづくり）の本殿（ほんでん）で拝殿（はいでん）は入母屋造（いりもやづくり）です。社殿（しゃでん）の向かって右手には、若宮大神（わかみやのおおかみ）を祀（まつ）り、他社の境内末社（けいだいまっしゃ）であった八坂神社（やさかじんじゃ）を合祀（ごうし）した若宮神社（わかみやじんじゃ）。左手の阿吽像（あうんぞう）は、江戸後期の宮崎を代表する仏師（ぶっし）である円立院（えんりゅういん）作（文化（ぶんか）13年）で、もともと参道の入口に随神（ずいしん）として鎮座（ちんざ）していた神像（しんぞう）です。その奥に御幣（ごへい）が建てられてる周辺が御陵（ごりょう）とされています。

3月社日祭（しゃにちさい）に奉納（ほうのう）される春神楽（はるかぐら）の村角神楽（むらすみかぐら）は、五穀豊穣や厄除（やくよけ）を祈念（きねん）して舞われる神楽（かぐら）です。当日は、33番の演目のうち18番が奉納（ほうのう）されます。古来の姿をよく留めて貴重な上、その勇壮な舞振（まいぶ）りも名高く、宮崎を代表する神楽（かぐら）のひとつです。平成28年3月3日に宮崎市指定無形文化財の指定を受けています。

高屋神社（たかやじんじゃ）の鎮まる村角町（むらすみちょう）は、彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）の御誕生にちなんだ神話や地名を多く伝えている地で、現在でも山陵（さんりょう）付近には命にちなむ地名が残っています。

「安尊（あんそん）・宇安尊（あざあんそん）」

彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）のご降誕の地。一説に、景行天皇（けいこうてんのう）と御刀媛（みはかしひめ）の御子（みこ）である豊国別皇子（とよくにわけのみこ）で、日向（ひゅうが）国造（こくぞう）の始祖（しそ）ともされています。

「竹尊（たけぞん）・母場御前（ははばごぜん）」

安尊（やすぞん）の約50m北方に命のご降誕のとき、竹刀（たけかたな）で臍（へそ）の緒（お）を切った後、その竹刀（たけかたな）を投（な）げたとされる所。昔は孟宗竹（もうそうちく）が繁っていたとされています。

「胞ノ尊（いやのそん）」

彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）の御胞（みほう）を納め奉（たてまつ）った所。今は宅地となっていますが其の庭中（ていちゅう）に高屋神社（たかやじんじゃ）祭典（さいてん）の節は奉納（ほうのう）所と申し奉（たてまつ）りて奉幣（ほうへい）する処。

「天神川（てんじんがわ）」

彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）に献（たてまつ）る御飯を炊いた川で、村人は川上の水口で手足を洗うことはなかったと伝えられています。

「御手洗川（みたらしがわ）」

天神川（てんじんがわ）の下流で彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）が御降誕（ごこうたん）のとき鹿葺津比賣命（かしつひめのみこと）が臍（へそ）の緒（お）を切って御手を洗ったとされる場所。

「犬ヶ城（いぬがじょう）」

火酢芹命（ほすそりのみこと）（海幸彦（うみさちひこ））の旧地（きゅうち）。狗人（いぬひと）（隼人（はやと））の住んでいたとされる地。