境内建物のうち、平成14年(2002)の平成大改修工事事業に際して、倒壊の危険からやむを得ず建て替えた神輿蔵と尾園神幸殿を除く、三笠山と尾園御旅所にある全ての木造建物11件と、南参道の鳥居並びに西参道鳥居の合計13件が、平成23年(2011)10月28日に国指定登録有形文化財として登録されました。
平成22年(2010)10月に登録に向けた調査をされた熊本大学大学院伊東龍一教授が、報告書の中にその特徴を記しています。
拝殿、申殿、神殿を一直線に並べ、西に石段や西門を設ける形式は、この地方の中心的位置を占める宇佐神宮の建物配置に共通するものである。神殿の左右に摂社を配し、3つの社殿を並べる形式も、宇佐神宮との関係が濃厚な柞原八幡宮の神殿左右に西宝殿、東宝殿を建てる形式に共通している。
三笠山春日神社は、長い歴史を持つが、それに相応しい社殿を備えている。宇佐神宮の影響が濃厚にうかがえるこの地方らしく、宇佐神宮と共通する要素が社殿の配置、建物の種類にみられ、それらがセットでよく残されている点が貴重である。
大分県北部、特に宇佐や国東半島では、上記のように本殿・申殿・そして回廊とも呼ばれる横長の拝殿を持つ形式の神社が多くあります。三笠山春日神社では、これらの中心的社殿とともに、神門や鐘楼などの付随する社殿がまとまって修理保存されていることが評価されました。
「本殿」
木造平屋建、銅板葺。江戸後期(1830~1868)の造営。境内の中央に南面して建っています。三間社切妻造、向拝一間銅板葺。周囲に組高欄付の切目縁をまわし、正面に蔀、側面前一間に桟唐戸を吊っています。妻飾は二重虹梁大瓶束の組物で二手分(二手先)持ち出し、小天井と支輪を付けています。たちの高い外観構成になる本殿です。
「申殿」
木造平屋建、瓦葺。明治38年(1905)の造営。本殿正面に位置しています。東西棟の切妻造桟瓦葺。桁行一間梁間一間。円柱を長押や頭貫、台輪で固め、組物は三斗、妻は束で棟木や母屋を支持しています。内部は一室で板敷、格天井を張り、柱間は側面後半を板壁、他はガラス戸を建てています。当地方に見られる申殿の一例です。
「拝殿」
木造平屋建、瓦葺。大正10年(1921)の造営。申殿の前方に東西棟で建っています。桁行九間梁間四間、入母屋造本瓦葺で、正面中央に入母屋屋根の一間向拝。切石積基壇上に方柱を立て、貫で固めています。内部は一室で板敷で、格天井を張っています。両側面を土壁とする他は開口とする横長で開放的なつくりの拝殿です。
「摂社・八坂神社」
社殿向かって右手に鎮座。御祭神として素戔嗚尊、他三柱の神々を祀っています。木造平屋建、銅板葺。(1751~1830)の造営。本殿の東に南面して建ち、一間社流造銅板葺。高欄付の切目縁を三方に廻しています。切石基礎に土台を据えて円柱を立て、長押や貫で固めています。組物は三斗組、軒は二軒繁垂木、妻飾は虹梁を省き蟇股のみ。海老虹梁の身舎側は頭貫木鼻と同様の絵様を彫っています。
「摂社・厳島神社」
社殿向かって左手に鎮座。御祭神として市杵島姫命、他五柱の神々を祀っています。木造平屋建、銅板葺。(1868~1912)の造営。本殿の西に南面して建ち、一間社流造銅板葺。切石基礎に土台を据えて円柱を立て、長押や貫で固めています。組物は舟肘木、軒は二軒繁垂木、妻飾を豕扠首としています。擬宝珠高欄付の切目縁を廻らし、正面に木階二級を付けています。小規模ながら丁寧なつくりの社殿です。
「参道鳥居」
石造、間口3.1m、高さ3.8m。享保5年(1720)の造営。春日神社境内の南端に位置します。石造の明神鳥居で、幅3.1m、高さ3.8m。礎石の上に内転びで円柱を建て、貫と島木、笠木で固めています。笠木の両端に強い反りをもたせ、力強い立面を構成しています。深い社叢の正面に建ち、近世以来の歴史的景観を伝えています。
「神門」
木造、瓦葺、間口3.4m、左右袖塀付。弘化2年(1845)の造営。拝殿の前方に位置し、四脚門の切妻造本瓦葺。本柱は粽付円柱で、控柱は几帳面取方柱。虹梁状の頭貫や台輪で固め、組物は三斗組。妻は虹梁大瓶束で、二軒繁垂木。四半石敷で、格天井を張っています。前間には格子付の棚を設け随神像を安置。威厳ある境内構えです。
「鐘楼」
木造平屋建、瓦葺。文政13年(1830)の造営。拝殿の南方、神楽殿と参道を挟んで対峙して建てられています。切石基礎上に建つ方一間袴腰付の鐘楼で入母屋造本瓦葺。方柱上部を頭貫と台輪で固め、三斗を組み、中備に蟇股を飾っています。一軒半繁垂木とし、内部も化粧垂木で、近世における神仏習合の境内景観を伝えています。国東が神仏習合の地であることの証ともいえる存在です。
「西参道鳥居」
石造、間口3.1m、高さ3.9m。昭和9年(1934)の造営。西門へと延びる西参道の入口に建っています。石造の明神鳥居で、幅3.1m高さ3.9m。径36センチmの円柱を内転びに建て、貫と島木、笠木で固めています。島木や笠木はほぼ同じ高さで、全体に反りをもたせ、安定感のある姿を作り出しています。
「西門」
木造、瓦葺、間口1.9m。(1751~1830)の造営。拝殿の西方に位置しています。小規模な一間一戸薬医門で、切妻造本瓦葺。本柱は円柱、控柱は面取角柱。それぞれを虹梁形頭貫で固め、主・控の柱間には男梁を架しています。男梁の上に虹梁を置き、棟木を支持し、一軒疎垂木を配っています。木部は赤色に塗装され、西紅門とも称されています。
「神楽殿」
木造平屋建、瓦葺。天保6年(1835)の造営。拝殿の東南に西面して建っています。桁行二間梁間一間、入母屋造妻入本瓦葺。正・側面に切目縁を廻し、北面後寄りから斜めに橋掛を延ばしています。橋掛は桁行三間梁間一間、両下造桟瓦葺。神楽殿は角柱に舟肘木を載せ、中備に間斗束と絵様実肘木をおいています。神社境内に残る神楽殿の好例です。
「籠り屋」
造平屋建、瓦葺。昭和2年(1927)の造営。神楽殿の橋掛の先に続く桁行5.9m梁間3.9mの木造平屋建、切妻造桟瓦葺で西正面に瓦庇を付けています。内部は北側にコンクリート土間、南側に八畳の床上部を配しています。籠り屋としてとともに神楽殿の楽屋、地域住民の集会所などとして利用されています。
「余興舞台」
木造平屋建、瓦葺。昭和27年(1952)の造営。境内から1キロmほど離れた御旅所に南を正面として建っています。桁行16m梁間7.9mの入母屋造セメント瓦葺、妻面に下屋を付設しています。南半部を舞台、北半部を楽屋としています。正面を除き、外壁は下見板張。小屋は和小屋。伝統的な農村舞台建築です。