紫尾山（しびさん）を神体山（しんたいさん）とする信仰は、孝元天皇（こうげんてんのう）（前214-前158）の御代（みよ）に開山（かいざん）された紫尾山（しびさん）の山頂に熊野（くまの）の神である伊弉冉尊（いざなみのみこと）、事解男命（ことさかのおのみこと）、速玉男命（はやたまのみこと）の三柱（みはしら）を祀ったのが創始（そうし）とされています。

継体天皇（けいたいてんのう）の御代（みよ）（507-531）、山中で修行をしていた空覚聖人（くうかくしょうにん）の夢の中に神が現れ、「われはこの山の大権現（だいごんげん）なり」、「わがために社寺（しゃじ）も建てて法を広めよ」と告げます。翌朝、上人が教えに従って紫尾山（しびさん）の山頂に立つと、どこからともなく山の神々が紫の雲のごとく尾を引いたようにたなびき現れたことから、山を「紫尾山（しびさん）」と名付けます。そして、阿弥陀如来（あみだにょらい）の来迎（らいごう）の別当寺（べっとうじ）として山頂に「上宮権現（じょうぐうごんげん）（現・上宮神社（じょうぐうじんじゃ））」。紫尾山（しびさん）の麓（ふもと）に里宮（さとみや）として「紫尾山（しびさん）祁答院（けどういん）神興寺（しんこうじ）」を当地と高尾野町（たかおのちょう）に建て、「中宮（ちゅうぐう）権現祠（ごんげんし）（現・紫尾神社（しびじんじゃ））」とします。そして「宮権現祠（ぐうごんげんし）（現・古紫尾神社（こしびじんじゃ））」を建て、三所権現（さんしょごんげん）と称しました。古紫尾神社（こしびじんじゃ）は、一説では宝治（ほうじ）2年（1248）に創建（そうけん）とも伝えられることから、一般に当社は、紫尾山（しびさん）山頂の上宮（じょうぐう）に対して下宮（げぐう）と称されますが、古紫尾神社（こしびじんじゃ）を下宮（げぐう）とする際は、中宮（ちゅうぐう）と称されています。

史書（ししょ）に見えるのは、貞観（じょうがん）8年（866）の「日本三代実録（にほんさんだいじつろく）」にて「貞観（じょうがん）丙戌（ひのえいぬ）四月七日薩摩国（さつまのくに）正六位上（しょうろくいじょう）紫尾神（しびのかみ）に従五位下（じゅごいげ）を授く」とあり正六位上（しょうろくいじょう）から従五位下（じゅごいげ）に昇叙（しょうじょ）されています。

中世には繁栄を極め、承元（じょうげん）年間（1207-1209）には源実朝（みなもとのさね）から御神体（ごしんたい）の鏡三面（かがみさんめん）を寄進（きしん）されます。神興寺（しんこうじ）は、西国の高野山（こうやさん）とも称されて繁栄を極め、仁王門（におうもん）内に14の坊のほか、菩提院（ぼだいいん）、瑞雲院（ずいうんいん）、徳寿庵（とくじゅあん）、奥之院（おくのいん）などもあったとされています。遠近を問わず、多くの信仰を集めていましたが、天正（てんしょう）年間（1573-1593）の干魃（かんばつ）や数回の火災などにより出水（いずみ）領主（りょうしゅ）の島津義虎（しまづよしとら）により神田（しんでん）八町余りが献（けん）ぜられるも寺院や僧坊（そうぼう）は荒廃しました。

万治（まんじ）2年（1659）には、紫尾神社（しびじんじゃ）に参籠（さんろう）した宮之城（みやのじょう）領主（りょうしゅ）・島津久通（しまづひさみち）の神夢（しんむ）に依（よ）り永野金山（ながのきんざん）が発見されたことから銀500両の寄付を受け復興（ふっこう）されますが、以後も盛衰（せいすい）をくりかえします。元禄（げんろく）2年（1689）には宮之城（みやのじょう）神照寺（しんしょうじ）の快善法印（かいぜんほういん）が当地の温泉に静養するのと共に、住職となり社寺（しゃじ）を造営（ぞうえい）し復興（ふっこう）したことから中興（ちゅうこう）の祖（そ）とされています。山ヶ野（やまがの）、永野（ながの）両金山を教え賜（たま）いし御神徳（ごしんとく）の高い神として、祁答院（けどういん）九ヶ郷（きゅうかごう）の宗社として、毎年9月29日に奉幣使（ほうへいし）が巡拝（じゅんはい）され、巡拝（じゅんはい）当日は、鉱山関係者を始め各地からの参拝（さんぱい）者で賑ったとされています。

正徳（しょうとく）4年（1714）に神興寺（しんこうじ）は、島津吉貴（しまづよしたか）により鹿児島南泉院（なんせんいん）の末寺（まつじ）となります。神興寺（しんこうじ）の位置は、転々としたとされますが、境内（けいだい）裏の駐車場付近から寺院の瓦が出土しています。

文化（ぶんか）元年（1804）年正月元旦に全焼しますが、文化（ぶんか）5年（1808）に再建し、文久2年（1862）にも社殿（しゃでん）の造営（ぞうえい）が行われました。明治2年（1869）に廃仏毀釈（はいぶつきしゃく）により寺院、仏像、宝物（ほうもつ）、仁王門（におうもん）など破棄消失。明治5年（1872）に県社（けんしゃ）に列せられ、昭和12年10月29日に現在の社殿（しゃでん）が竣工（しゅんこう）されました。

拝殿（はいでん）の賽銭（さいせん）箱下からは、温泉が湧き出て「神（かみ）の湯（ゆ）」と称され、近郷近在はもちろん出水（いずみ）地方からの湯治客が多く、山の湯として親しまれています。温泉は、元禄（げんろく）2年（1689）に中興（ちゅうこう）の祖（そ）とされる快善法印（かいぜんほういん）が湯浴（ゆあ）みしたのが始まりとされ、泉質（せんしつ）は無色透明、微弱硫化水素臭アルカリ性、温度は源泉（げんせん）で摂氏55℃です。浴用としては、神経痛、リウマチ、糖尿病、慢性皮膚病、慢性婦人病などによく効き、飲用としては、常習便秘、慢性リウマチ、痛風、慢性金属中毒、神経マヒに効き目があります。境内（けいだい）のすぐ東にある「紫尾区営大衆浴場」をはじめ、「神（かみ）の湯（ゆ）」を源泉（げんせん）とする温泉旅館で繁栄しています。

境内（けいだい）には、菅原道真（すがわらのみちざね）を御祭神（ごさいじん）とする紫尾天神（しびてんじん）が鎮座（ちんざ）し、学問の神、牛馬の神、武道の神として信仰されています。その西側の奥には、継体天皇（けいたいてんのう）の御代（みよ）（507-531）の御代（みよ）に紫尾権現（しびごんげん）・紫尾山（しびさん）神興寺（しんこうじ）を創建（そうけん）した空覚聖人（くうかくしょうにん）の供養塔（くようとう）として四面に梵字（ぼんじ）が刻まれた五輪塔（ごりんとう）。鎌倉時代末期から当地を支配した祁答院（けどういん）氏の第4代の祁答院（けどういん）行重（ゆきしげ）が第3代の祁答院（けどういん）重松（しげまつ）の供養のため建てたとされる阿弥陀如来（あみだにょらい）と薬師如来（やくしにょらい）の二柱（ふたはしら）の方柱（ほうちゅう）石塔婆（せきとうば）。そして戦没者（せんぼつしゃ）の慰霊碑（いれいひ）と招魂碑（しょうこんひ）が祀（まつ）られています。

境内（けいだい）後方には、六道（ろくどう）に迷う死後の俗人が仏力（ぶつりき）によって救われるとの信仰から寺や基所の入り口に建てられた六地蔵塔（ろくじぞうとう）と経塚（きょうづか）が残されています。この六地蔵塔（ろくじぞうとう）は、県内で最も古いものと推定されています。