鹿児島一円の地主神（じぬしがみ）と伝えられる鹿児島神社（かごしまじんじゃ）は、遠く神代（かみよ）より、鹿児島というこの地の言霊（ことだま）と共に今に来たりました歴史ある古社（こしゃ）です。古くは桜島（さくらじま）の袴腰（はかまごし）台地に鎮座（ちんざ）し、鹿児島一円の氏神（うじがみ）として、海の神として奉斎（ほうさい）されています。

御祭神（ごさいじん）は彦火火出見命（ひこほほでみのみこと）、豊玉姫命（たよたまひめのみこと）、そして豊玉彦命（たよたまひこのみこと）。彦火火出見命（ひこほほでみのみこと）は、海幸彦（うみさちひこ）・山幸彦（やまさちひこ）の伝説で知られる山幸彦（やまさちひこ）で、豊玉姫命（たよたまひめのみこと）はその后神（きさきがみ）です。豊玉彦命（たよたまひこのみこと）は、豊玉姫の父神（ちちがみ）である海神（うみがみ）の大綿津見神（おおわたつみのみやのかみ）の別称とされ、彦火火出見命（ひこほほでみのみこと）が綿津見宮（わたつみのみや）に行かれた折、心を尽して仕えたとされています。その誠忠偉勲（せいちゅういくん）の功を称える為、彦火火出見命（ひこほほでみのみこと）の御子の鵜茅葺不合命（うがやぶきあえずのみこと）が創祀（そうし）されたと伝えられています。また、現在地の玉里（たまざと）地区はかつての当社の神田（しんでん）であり、そこに祀られていた豊受大神（とようけおおかみ）を合祀（ごうし）しています。

創建（そうけん）年代は不詳ですが、延喜（えんぎ）元年（901）に記された「日本三代実録（にほんさんだいじつろく）」にて、「貞観（じょうがん）2年（860）3月20日薩摩國（さつまのくに）従五位下（じゅうごいげ）鹿児島神（かごしまのかみ）に従五位上（じゅうごいじょう）を授く氏神（うじがみ）は鹿児島の地主神（じぬしがみ）なり」と記された「鹿児島神（かごしまのかみ）」に比定（ひてい）されています。

後、鹿児島神社（かごしまじんじゃ）は桜島の噴火により草牟田（そうむた）に遷座（せんざ）し、現在に至っています。境内（けいだい）に残されている扁額（へんがく）と石鳥居（いしとりい）は、その袴腰（はかまごし）地区に鎮座（ちんざ）していた当時のものと伝えられています。尚、桜島（さくらじま）の西南西、錦江湾（きんこうわん）に浮かぶ小島の神瀬（かんぜ）は、飛び地境内（けいだい）で、鹿児島神社（かごしまじんじゃ）の海の里宮（さとみや）、遥拝所（ようはいじょ）であったとされています。

古来、宇治瀬神社（うじせじんじゃ）とも称され、「宇治瀬（うじせ）様」を薩摩弁（さつまべん）で「ウッテサァ」と呼んで親しまれています。宇治瀬（うじせ）とは、錦江湾（きんこうわん）の瀬のいと早く渦巻く様とも、また、以前は当社下を流れていたという甲突川（こうつきがわ）の早瀬の逆巻く様に由来するとも伝えられています。現在地の草牟田（そうむた）の近くには、入船（いりふね）との地名も残っており、江戸期までは、当地域が船着き場とされていました。

また、春祭の2月18日から秋祭（ホゼ祭）の10月18日までの期間は「宇治瀬（うじせ）」と呼び、それ以降の半年を「宇津佐（うずさ）」と言い分けて呼び慣わしています。また、例祭（れいさい）の執行される2月と10月を「神月（こうづき）」、殊に18日のお祭りを迎えるまでを「柴内（しばうち）」と呼んで、氏子（うじこ）等は其の間、旅行其の他を悉（ことごと）く忌み慎みました。この「神月（こうづき）」が、「甲突（こうつき）」と変化し、甲突川（こうつきがわ）の名の起こりとなった考えられています。

藩政（はんせい）時代には、領主（りょうしゅ）島津家（しまづけ）の尊崇（そんすう）厚く、島津氏（しまづし）の氏祖（しそ）の島津忠久（しまづただひさ）は、正月と家督（かとく）を相続すると、まず初めに参詣（さんけい）する例（ならわし）とされた鹿児島三社（かごしまさんしゃ）（一之宮神社（いちのみやじんじゃ）・鹿児島神社（かごしまじんじゃ）・川上天満宮（かわかみてんまんぐう））の必のひとつとされていました。第18代当主（とうしゅ）の島津家久（しまづいえひさ）（1602-1638）の代で三社詣（さんしゃまい）りは廃絶しますが、天保（てんぽう）6年（1835）に、第26代当主（とうしゅ）の島津斉宣（しまづ なりのぶ）によって建てられた島津家（しまづけ）別邸（べってい）「玉里邸庭園（たまざとていていえん）」も当社の近隣であったのが造営（ぞうえい）の理由であったとされています。

安政（あんせい）2年（1855）には、大火にあった京都御所（きょうとごしょ）の安政（あんせい）造営（ぞうえい）の再建に際し、時の藩主（はんしゅ）の島津斉彬（しまづなりあきら）により御神木（ごしんぼく）の大杉が供出（きょうしゅつ）され、それに共に切妻造平入（きりづまづくりひらいり）の本殿（ほんでん）が起工（きこう）されます。本殿（ほんでん）は、島津斉彬（しまづなりあきら）の没後の安政（あんせい）6年（1859）に竣工（しゅんこう）し、同年に正一位（しょういちい）の神階（しんかい）を賜（たま）わっています。明治5年（1872年）には県社（けんしゃ）に列し、現在に至っています。

鳥居（とりい）を過ぎ、参道（さんどう）の両脇には、豊磐間戸命（とよいわまどのみこと）と櫛磐間戸命（くしいわまどのみこと）を祀る門守神社（かどもりじんじゃ）が鎮座（ちんざ）しています。向かって右手の門守神社（かどもりじんじゃ）の奥には、地神（ちじん）・水神（すいじん）を祀る石祠（せきし）が並びます。手水舎（てみずしゃ）の向かいの石祠（せきし）は、田之神（たのかみ）と蛇神（へびがみ）を祀っています。

また、田之神舞（たのかみまい）、宮毘舞（みやびまい）、鬼神舞（きじんまい）、剣舞（つるぎまい）、薙刀舞（なぎなたまい）の5つの神舞（かんまい）が伝えられていて、春と秋の例大祭（れいたいさい）、夏越祭（なごしさい）六月灯（ろくがつどう）にて奉納（ほうのう）されています。