鈴木神社（すずきじんじゃ）は、「天草島原一揆（あまくさしまばらいっき）」後の天草復興に心血を注いだ鈴木重成（すずきしげなり）、鈴木正三（すずきしょうさん）、鈴木重辰（すずきしげとき）を御祀（おまつ）りしています。「天草島原一揆（あまくさしまばらいっき）」の後、幕府領（ばくふりょう）となった天草（あまくさ）の初代代官（だいかん）として任命された三河（みかわ）生まれの鈴木重成（すずきしげなり）は、荒廃しきった天草（あまくさ）の島々の立て直しに全力を挙げます。鈴木重成（すずきしげなり）は、特に寺社（じしゃ）を再興し村民を撫育（ぶいく）して、ひろく民衆に慕（したく）われました。その死の真相は、詳（つまび）らかではありませんが、石高（こくだか）の是正を嘆願（たんがん）しての自刃（じじん）であったと伝えられています。

「天草島原一揆（あまくさしまばらいっき）」は、キリスト教弾圧が一揆（いっき）勃発（ぼっぱつ）の切欠（きっかけ）と流布（るふ）されてきましたが、実質は、過酷な年貢の収奪（しゅうだつ）を典型とする明らかな悪政（あくせい）に対する反乱。当時の島原藩（しまばらはん）の藩主（はんしゅ）であった松倉勝家（まつくらかついえ）、天草（あまくさ）を治めていた唐津藩（からつはん）の寺沢広高（てらざわひろたか）と、その息子の寺沢堅高（てらざわかたたか）の圧政・重税と弾圧による混乱と明らかとされてきています。

天草（あまくさ）は、キリシタン大名の小西行長（こにしゆきなが）の時代を経て、天草（あまくさ）を加増された唐津藩（からつはん）初代藩主（はんしゅ）の寺沢広高（てらざわひろたか）が入部します。天草（あまくさ）は、耕地が少なく、痩せた土地であったため当時の生産高は2万石、またはそれ以下であったとされています。しかし、寺沢広高（てらざわひろたか）は天草（あまくさ）の実状を無視し、検地（けんち）によって田畑（でんばた）の収穫が37,000石、他に漁業などの運上を5,000石。合計で実態の倍である42,000石が、天草全島（あまくさぜんとう）の石高（こくだか）と幕府に報告します。過大な石高（こくだか）は、自らの格を少しでも大きく見せるためのものであったものの、年貢は収穫の4割5分～6分であったため、領民（りょうみん）は収穫のほとんどを徴収（ちょうしゅう）されるという状況になり、困窮ぶりは大変なものでした。

その圧制（あっせい）に対し、寺沢広高（てらざわひろたか）の息子の寺沢堅高（てらざわかたたか）の治世（ちせい）となった寛永（かんえい）14-15年（1637-1638）に「天草島原一揆（あまくさしまばらいっき）」が起こります。乱の平定後、寺沢家（てらさわけ）は責任を問われ天草領（あまくさりょう）は没収。失意の寺沢堅高（てらざわかたたか）は正保（しょうほう）4年（1647）に自殺し寺沢家（てらさわけ）は断絶します。

その「天草島原一揆（あまくさしまばらいっき）」の後、宗教対立による騒乱とされた悲劇をどうするのか。何よりも疲弊した民心と、衰えた田畑（でんばた）の生産力をどう向上させるのか。それが「天草島原一揆（あまくさしまばらいっき）」の後、当地とを統べることとなった初代代官（だいかん）・鈴木重成（すずきしげなり）の苦心となります。寛永（かんえい）18年（1641）に着任した鈴木重成（すずきしげなり）は当地を仁政にて治め、特に「寺社（じしゃ）を再興し村民を撫育（ぶいく）して」広く民衆に慕（したく）われました。承応（じょうおう）2年（1653）10月15日の死の真相は明らかではありませんが、江戸にて石高（こくだか）の是正を請願（たんがん）しての自刃（じじん）であったと伝えられています。その意志を引き継いだ2代目代官（だいかん）の鈴木重辰（すずきしげとき）によって、万治（まんじ）2年（1659）異常な石高（こくだか）は半減されることとなります。

鈴木重成（すずきしげなり）が亡くなった翌年の承応（じょうおう）3年（1654）、江戸に滞在していた東向寺（とうこうじ）の住職の中華珪法が、天草（あまくさ）に帰るに際し、鈴木重成（すずきしげなり）の遺髪（いはつ）を貰い受け、本村（ほんむら）（天草市（あまくさし）本町（ほんまち））の丘陵（きゅうりょう）に埋め、小祠（しょうし）を築いて感謝し報恩（ほうおん）の念を発しました。この小祠（しょうし）が鈴木神社（すずきじんじゃ）の発祥の機縁とされています。

鈴木重成（すずきしげなり）は、一揆で仏寺仏像のほとんどを失った天草（あまくさ）にて復興・再興された社寺は、神社２、曹洞宗寺院１２、浄土宗７、真言宗１に及び、今も受け継がれている「鈴木（すずき）さまのおかげ」との言葉は、天草（あまくさ）の心とされています。

後、天明8年（1788年）に鈴木重成（すずきしげなり）、庶民に仏教と勤勉の哲学を説いた鈴木重成（すずきしげなり）の兄である鈴木正三（すずきしょうさん）、そして鈴木正三（すずきしょうさん）の息子で鈴木重成（すずきしげなり）の養子、2代目代官（だいかん）となった鈴木重辰（すずきしげとき）を合祀（ごうし）し、盛大に鈴木神社（すずきじんじゃ）の記念大祭が営まわれました。以後、村々の鈴木重成（すずきしげなり）を祀（まつ）る34ヶ所に上る祠（ほこら）の多くでは鈴木重成（すずきしげなり）、鈴木正三（すずきしょうさん）、鈴木重辰（すずきしげとき）を祀（まつ）るようになりました。島民は親しみと感謝を込めて「鈴木（すずき）さま」と称するようになったとされています。